El primer vinculado al proceso, cuya investigación lideró la Unidad Nacional de Derechos Humanos de la Fiscalía, fue el cabo segundo del Ejército, Rodrigo Pérez Pérez, que pertenecía al Batallón Nueva Granada con sede en Barrancabermeja.
A Pérez se le dictó medida de aseguramiento el 12 de agosto del mismo año de la masacre, por los delitos de homicidio múltiple agravado y secuestro extorsivo, como presunto coautor de los 7 homicidios y los 25 secuestros ocurridos el 16 de mayo de 1998 en Barrancabermeja.
Sin embargo, a los ocho meses recuperó la libertad provisional bajo el pago de una fianza de aproximadamente US$150.
Casi tres años después, el fiscal que dirigió la investigación vinculó al proceso al paramilitar Mario Jaimes Mejía, alias ‘Panadero’ y a los civiles Álvaro Noriega y Graciliano Alarcón León.
Durante el proceso penal, los paramilitares mataron a tres testigos de la incursión paramilitar del 16 de mayo que habían declarado ante las autoridades. Una de esas personas fue Elizabeth Cañas Cano, madre de dos de los desaparecidos, asesinada el 11 de julio de 2000 luego de rendir testimonio en los tribunales de opinión establecidos en Colombia y Canadá.
Varios funcionarios judiciales también fueron amenazados de muerte, al parecer, con la intención de detener el progreso de las investigaciones.
El fiscal con identidad reservada que dirigió la primera fase del proceso se vio forzado a abandonar el país como consecuencia de las amenazas contra su vida.
La investigación se cerró el 4 de septiembre de 2001 y el 12 de diciembre de 2005, la Fiscalía profirió resolución de acusación contra Bolmar Said Sepúlveda Ríos, alias ‘Wolman’, que hacía parte del grupo paramilitar que actuaba en Barrancabermeja y hoy es postulado a Justicia y Paz
Miembros de la Fuerza Pública sancionados
*Joaquín Correa López, teniente coronel de la Policía, comandante del Comando OperativoEspecial del Magdalena Medio.
*Mario Camacho Avellaneda, capitán de la Policía, comandante de la estación de Policía de Barrancabermeja y refinería.
*Juan Carlos Celis Hernández, teniente de la Policía, jefe de la Unidad Investigativa-SIJIN de Barrancabermeja.
*Mario Alberto Fajardo Garzón, sargento viceprimero del Ejército.
*Alfonso Rafael Lechuga y Oscar Ortiz Cubides, detectives del DAS.
*El capitán Oswaldo Prada Escobar, el teniente Antonio Enrique Daza Camargo, comandante de la base militar de Pozo Siete y el subteniente Jhon Héctor Guzmán Santos, todos efectivos del Ejército, fueron separados definitivamente de sus cargos el 17 de abril de 2001. Al capitán Prada Escobar, oficial del Batallón Nueva Granada, la Procuraduría lo sindicó de prohibirle al teniente Daza Camargo acudir al barrio 9 de abril con el fin de verificar la información de los hechos denunciados por la población.
