Hay registros del pueblo Siona desde el Siglo XVI, cuando indígenas ubicados en el piedemonte amazónico colombiano y ecuatoriano comenzaron a huir de expedicionarios, buscadores de oro, encomenderos y colonos. Desde entonces, los Siona se establecieron al interior de la selva del Putumayo para mantenerse lejos de las enfermedades y la esclavitud de los colonos.