Después de haberse negado a colaborar con los fiscales de Justicia y Paz en 2011, y de volver a cumplir con las diligencias de versiones libres en 2012 so pena de ser excluido del proceso de justicia transicional, la Fiscalía de Justicia y Paz lo señaló como uno de los jefes paramilitares a priorizar, dado el nivel de mando que tenía como comandante político del Bloque Central Bolívar de las Autodefensas Unidas de Colombia (Auc).
Además de Báez quien fungía como jefe político del Bloque Central Bolívar, serán imputados 20 desmovilizados, entre los que se encuentran Rodrigo Pérez Alzate, alias Julián Bolívar; Guillermo Pérez Alzate, alias Pablo Sevillano; Arturo Torres Pineda, alias Don Carlos; José Germán Sena, alias Nico; Carlos Fernando Mateus, alias Paquita, y Carlos Mario Ospino, alias Tomate.
Es así como a ‘Ernesto Báez’, el Ente Investigador prepara la imputación de la masacre de Guadualito, Putumayo, ocurrida entre el 17 y 19 de agosto de 2004. El crimen fue confesado por Arnolfo Santamaría Galindo, alias ‘Pipa’, quien narró a fiscales de Justicia y Paz que por lo menos 220 paramilitares incursionaron desde el Valle del Guamuez hasta Guadualito utilizando brazaletes de las Farc. En su recorrido fueron degolladas varias personas y destruidas varias viviendas.
De igual forma, al comandante político del BCB le será imputado el desplazamiento masivo que tuvo lugar en la localidad de Vallecito, Sur de Bolívar. De acuerdo con lo relatado por desmovilizados de este bloque en Justicia y Paz, la avanzada que los bloques paramilitares del BCB dirigieron hacia el Sur de Bolívar entre 2000 y 2001, bajo el mando entre otros de Jhon Francis Arrieta, alias ‘Gustavo Alarcón’, con el fin de combatir a las compañía Mariscal Sucre y frente Héroes de Anorí del Eln; y los frentes 24 y 37 de las Farc, generó fuertes e intensos combates que terminaron por obligar el éxodo masivo de poblaciones enteras, entre ellas la de Vallecito.
A ‘Ernesto Báez’ también le será imputada la muerte de por lo menos una veintena de sindicalistas, líderes comunitarios defensores de derechos humanos y activistas de género ocurridas entre los años 1998 y 2005, en los municipios que componen el Magdalena Medio santandereano y boyacense, quienes fueron víctimas de una estrategia de terror montada por el BCB con el fin de intimidar a la población y exterminar todo tipo de participación de la comunidad.
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