Gonzalo de Jesús Pérez y sus dos hijos, Henry y Marcelo Pérez convocaron, junto con altos mandos del Batallón Bárbula, a los ganaderos para que colaboraran en la conformación de un grupo de autodefensas. Su objetivo inicial era eliminar cualquier influencia guerrillera de la región, a través de amenazas, torturas, desplazamientos y despojo de tierras. A partir de 1982 el ejército acentuó los patrullajes conjuntos de unidades militares y paramilitares, facilitaron transporte para las autodefensas, armamento, salvoconductos, que explicaron el rápido avance de las autodefensas en la región. Las Autodefensas de Puerto Boyacá se convirtieron en un modelo paramilitar, que fue después replicado en otras regiones.
