En el año 2003 inició a un proceso de desmovilización de los grupos de autodefensas respaldado por la ley de Justicia y Paz. Aunque en principio esta política de desmovilización y reintegración, tanto individual como colectiva, fue pensada exclusivamente para los grupos paramilitares, con la puesta en práctica de la misma, se debió abrir la puerta a los miembros de la subversión que decidieran dejar las armas y reintegrarse a la sociedad civil
Al proceso de desmovilización se han incorporado propuestas de reintegración social basadas en programas de educación y formación técnica, reinserción a las estructuras laborales, atención psicosocial y apoyo en iniciativas de negocio y de trabajo social. El principal objetivo de estos programas es disminuir al mínimo posible la reincidencia de los desmovilizados en el conflicto y la retoma de armas por falta de oportunidades.
La Agencia Colombiana para la Reintegración de la Presidencia de la República es la entidad encargada de gestionar estos programas en los que se establece la viabilidad del proceso de desmovilización de los grupos armados ilegales.
