Para el inicio del nuevo siglo, los paramilitares tenían el control total del casco urbano. Aparte de la base en El Jordán, se apropiaron de varias casas en el pueblo y de apartamentos del pasaje El Sol. Patrullaban por la zona urbana exhibiendo las armas, e ingresaban a los establecimientos públicos como si fueran los dueños. La gente que se resistió a irse del pueblo, compartió sus casas con vecinos y familiares; vivir en grupos grandes era una manera de sentirse protegidos.
Los campesinos que vivían en la zona rural, quedaron atrapados en sus veredas, pues la guerrilla, dispuesta a defender el territorio que les quedaba, les prohibió bajar al pueblo; señalaban de aliados de las autodefensas a quienes se atrevieran a hacerlo. Muchos cayeron en la miseria, pues no podían vender los productos que producían en sus parcelas, entre éstos, yuca, frijol, maíz, plátano, café y leche.
Solo podían comerciarlos en San Luis o en Granada. Pero los paramilitares, dispuestos a sacar la guerrilla de la región, también llegaron hasta las veredas. Estos enfrentamientos por el control de la zona rural, provocaron desplazamientos masivos que dejaron las montañas desoladas.
"Vivíamos en una zozobra. Llegó a ser tanta la desesperación que la gente se acostaba a dormir con las botas listas porque sabían que en cualquier momento tenían que arrancar. La gente se juntaba a dormir en una casa grande, en la parte baja de la vereda. Cuando entraron las autodefensas en 2001, fue el desplazamiento masivo. Todos salieron juntos por el monte en medio de la bala ventiada de un lado y del lado. Anduvieron un día entero por las montañas hasta que lograron llegar a otra vereda donde les dieron aguapanelita, y fueron saliendo a San Luis. Desde allí muchos se desplazaron hacia Medellín. La vereda quedó muerta por diez años", cuenta Ema Álzate, quien un año antes de este desplazamiento abandonó su finca.
En 2002, luego de la ruptura de los diálogos entre las Farc y el gobierno en el Caguán, la guerrilla aumentó sus ataques en todo el país. En San Carlos les ordenaron a las personas que debían unirse a sus filas o abandonar el pueblo, lo que produjo un nuevo éxodo. A los campesinos que vivían en el corregimiento Samaná y las veredas Peñol Grande, Juanes, Santabárbara, Cañafistol, Las Flores y Norcacia les dieron pocas horas para salir de las fincas. Además, dinamitaron puentes, torres de energía, centrales hidroeléctricas.
Ese mismo año, entre el 9 y el 11 de mayo, los paramilitares entraron a las veredas Vallejuelo, El Chocó, El vergel y Hortoná. De manera selectiva, torturaron y masacraron a doce personas; además, les dieron la orden a los campesinos de que abandonaran la región. En respuesta a esta masacre, la guerrilla atacó la vereda de Dosquebradas, La Tupida y Dinamarca, acusando a sus pobladores de traidores, auspiciadores de las autodefensas.