Los guerrilleros mandaban a los campesinos a llevarles mercado y a que les prestaran las bestias para transportarlo a lo más recóndito de la montaña, donde estaban sus campamentos. Ellos tenían que obedecer o los mataban. "A las amas de casa nos obligaban a hacerles comida. Claro que a veces nos pagaban, es verdad, pero igual uno tenía que prestarles el servicio. Imagínese uno ahí en la casa con 20 o 30 guerrillos armados" relata doña Ema Álzate, una habitante de la vereda La Mirandita de San Carlos.

Donde ella vivía con su esposo y sus hijos, las Farc controlaban la vida de la gente. A su esposo, como a los demás hombres del lugar, le encargaban productos que sólo se conseguían en el pueblo. "Un sábado le pidieron botas, peinillas y mercado; el domingo por la mañana resultaron los guerrilleros acampando en la verdecita de mi casa, estaban lavando ropa. Le dijeron a mi hijo, háganos el favor y mata una gallina para que nos haga el almuerzo. Les dije que no tenía revuelto. Y me dicen, vea el racimo que hay ahí, échele ese racimo. Me tocó despacharle una ollada de almuerzo".

Después de ese día, los guerrilleros volvieron a la finca, el 12 de diciembre de 1991; pero esta vez no fue para pedir favores. Ema Álzate iba a cumplir veintiún años de casada con José Elías Giraldo. Era de noche, estaban durmiendo cuando un grupo de guerrilleros entró a la habitación y preguntó por su esposo. Le pidieron la cédula para confirmar que era a él a quien buscaban. Ema, confundida, les entregó la billetera donde estaba el documento. "Mis hijos asomaron, y los guerrilleros nos dijeron: váyanse un momentico para el corredor que vamos a hacer una requisa; y la requisa fue que le dispararon a sangre fría un tiro en la cabeza. Salieron como si nada después de tirar la billetera al piso".

Ema quedó viuda con cinco hijos, todo menores, sin poder salir de la vereda porque los guerrilleros no se los permitían; su única salvación para sobrevivir era la pequeña parcela que tenían, en ella sembraban lo que comían.

Cada día, aumentaban los asesinatos selectivos, los muertos eran de los distintos bandos que se disputaban la región. La situación se recrudeció tanto que el gobernador de la época, Álvaro Uribe, propuso nombrar un alcalde militar para evitar que recursos del pueblo fueran desviados hacia los subversivos. La propuesta fue rechazada por los partidos políticos y los movimientos sociales. Durante su gobierno departamental, Uribe declaró en varias ocasiones que San Carlos era controlado por la guerrilla y que estas estaban infiltradas en la administración municipal.

Para el final de la década del noventa, con la incursión paramilitar, se desbordó la ofensiva de todos los actores armados. La disputa no fue solo por el control de los recursos del territorio, los pobladores se convirtieron en trofeo, escudo y objetivo militar al mismo tiempo. San Carlos se precipitó hacia una crisis humanitaria que duraría una década entera, y lo convertiría, en muchos momentos, en un pueblo fantasma. Los continuos desplazamientos masivos dejaron veredas deshabitadas, la población que residía en el municipio llegó a reducirse a poco menos de la mitad.

Ema recuerda que "cuando llegaron las autodefensas, empezó esa guerra de que si apoyábamos a la guerrilla, las autodefensas mataban la gente; y al revés, que si apoyábamos las autodefensas, la guerrilla nos mataba. Eso era uno en medio del cruce de las balas. Si el campesino salía al pueblo creían que iba a encontrarse con los 'paracos'; y si el campesino no salía, cuando lo veían los 'paracos' lo mataban porque según ellos era un guerrillero escondido".

Según el historiador Carlos Olaya, oriundo de ese municipio y autor del libro Nunca más contra nadie, "los promotores del paramilitarismo, en su estrategia de ocupar y controlar este territorio, estigmatizaron a la población sancarlitana, señalándola de tener vínculos con los grupos guerrilleros. Así, crearon las condiciones para destruir aquella expresión organizada, autónoma, de las comunidades, a través de masacres, desapariciones forzadas y asesinatos sistemáticos contra la población".

En 1997, la guerrilla hizo ataques sucesivos para oponerse a la inminente entrada del paramilitarismo. En junio, bombardeó las trincheras de la base militar asentada en El Cerrito, un lugar desde el que se divisa el casco urbano. En julio, ocuparon un campamento de la firma Pavicol, quemaron dos volquetas y se llevaron dos civiles. Ese mismo mes secuestraron al Alcalde Héctor Alzate Arias. En octubre, la guerrilla prohibió actividades electorales y exigió la renuncia de los aspirantes a la Alcaldía y al Concejo de toda la región del oriente; finalmente, declararon paro armado en la semana de la votación.

Los paramilitares llegaron, con el objetivo de instalarse en la zona. Venían en un recorrido por las veredas de Alejandría y San Rafael. En San Carlos montaron una base de avanzada en la vereda La Rápida, para impedir el tránsito de la guerrilla hacia este municipio y también hacia Granada y Guatapé. Las Farc y el ELN, de manera conjunta, se enfrentaron con los paramilitares por los lugares donde siempre habían tenido el control. Estos hostigamientos terminaron en un éxodo masivo de los pobladores, y replegaron a la guerrilla a otras zonas.

Las autodefensas se tomaron las veredas que rodean al corregimiento El Jordán, hasta que el 23 de marzo de 1998 incursionaron en el corregimiento luego de haber torturado y asesinado varias personas que pertenecían a la junta de acción comunal. En ese lugar, donde se crió el comandante de Bloque Metro, Carlos Mauricio García, que usaba el nombre de guerra 'Rodrigo' o 'Doblecero', fundaron una base paramilitar. Hasta allí citaban pobladores a rendir cuentas. Tenían unas listas de personas señaladas de ser colaboradores de la guerrilla; quienes quisieran ser borrados debían presentarse y a cambio de salvar su vida debían trabajar para ellos. Hasta ese lugar también tenían que ir cada mes todos los comerciantes a pagar lo que les correspondía por la extorsión.

El 3 de agosto de 1998, la guerrilla se tomó por segunda vez el casco urbano. Atacaron el comando de la policía e intentaron tomarse la base del ejército de la vereda Dosquebradas. Dinamitaron la Caja Agraria y la Registraduría. Los guerrilleros amenazaron con volar toda la cuadra donde estaba el comando si los policías no se rendían. Con intermediación del párroco, siete policías cedieron. Los guerrilleros los saludaron con honores y se los llevaron secuestrados. El ataque dejó dos policías y siete soldados muertos.

Antes de finalizar ese año, las autodefensas perpetraron una masacre en el casco urbano. A media noche, distribuidos en camionetas y volquetas, con listas de los supuestos auxiliadores de la guerrilla, entraron hasta el parque y dinamitaron la central telefónica. Luego, se regaron por distintas calles y allanaron las casas, entraron buscando los señalados, y los asesinaron delante de sus familiares.

Mataron diez personas, varias de ellas fueron torturadas. A pesar de que las camionetas ingresaron por el camino en el que estaba la base del ejército, a un kilómetro de distancia de la municipalidad, los militares no se aparecieron para defender a los pobladores. "A partir de ese año, las masacres y el asesinato de pobladores se generalizó; los cuerpos quedaban en los caminos, para infundir el terror", dice Carlos Olaya.

Esta crisis humanitaria se agudizó. Los grupos armados incidían hasta en la vida personal de los pobladores. Los guerrilleros declararon objetivo militar a las mujeres que se relacionaran con policías o soldados, enviaron a la emisora casetes con mensajes en los que les advertían a los padres que si no cuidaban a sus hijas ellos se encargarían. Pero estas amenazas también las hicieron los paramilitares, para aquellas mujeres que vieran conversando con cualquier hombre que nos les simpatizara. Antes del año 2000, se registraron 65 mujeres asesinadas.

En San Carlos nadie olvida las fiestas del agua del 99. La policía ordenó la salida de sus hombres en seis municipios, entre ellos San Carlos, dejando desprotegidos a los habitantes. Las Farc entraron al pueblo, reunieron a la gente y les anunciaron que estarían a cargo de la seguridad; desde ese momento patrullaron las calles, pero cuatro días después se marcharon, alertados por la amenaza de que los paramilitares se dirigían al pueblo.

Ese mismo día trescientos paramilitares ingresaron al parque. Reunieron a las personas en el polideportivo, les exigieron las cédulas para cotejar con las listas que llevaban. En medio del operativo, la guerrilla hizo unos disparos desde donde estaba escondida, lo que desató el pánico colectivo. En medio del enfrentamiento, las personas huyeron en estampida. Ese día los paramilitares cometieron varios asesinatos. Se retiraron en la madrugada. A pesar de todo esto, las fiestas no se suspendieron. Luego, guerrilleros del ELN entraron en camionetas al pueblo, también reunieron las personas y los convocaron a hacerle frente a los paramilitares.