San Carlos se convirtió en un refugio de desarraigados, aunque gran parte de los desplazados prefirieron irse para Medellín o para otras regiones como el Chocó. En el pueblo, emergieron barrios de invasión donde los campesinos construyeron ranchos de plásticos y madera, mientras esperaban la oportunidad para regresar a sus fincas.

El pueblo continuó bajo el mando de los paramilitares, quienes estaban en guerra dentro su organización. El Bloque Metro se declaró una disidencia de las AUC que en ese momento estaba en los diálogos de Ralito con el gobierno. A finales de mayo, comandantes de las autodefensas emitieron un ultimátum al BM: o se acogían a la desmovilización o lanzarían una ofensiva. El BM rechazó la orden.

El dos septiembre de 2003, doscientos hombres del Bloque Cacique Nutibara irrumpieron en la base paramilitar de El Jordán. Asesinaron a varios hombres que estaban al mando; y el resto, unos cuarenta hombres, se rindieron y se sometieron al BCN. A pesar de esta reducción de BM, algunos de sus ex integrantes se reagruparon, incluso se unieron disidentes guerrilleros, y conformaron el Bloque Héroes de Granada, dirigido por Diego Fernando Murillo, "Don Berna". Esta facción estuvo presente en el municipio después de la desmovilización de las AUC.

A pesar de que las autodefensas tenían diezmadas y replegadas a las Farc, estas continuaron con su presencia, ocultos en las áreas más boscosas de la región; salían esporádicamente a atacar los pobladores.

Desde 2004, en San Carlos se empezó a hablar de retorno. Impulsados por la misma Alcaldía que los animaba a regresar, algunos pobladores emprendieran el regreso a sus veredas, pero, en varias ocasiones, estos retornos fueron frustrados por la guerrilla.

Como les ocurrió a los habitantes del corregimiento Samaná, días después de haber regresado a sus fincas. La tarde del 12 de julio de 2004, un grupo de guerrilleros del Frente IX reunió a la gente en la cancha. Se llevaron a siete de ellos a una casa abandonada, allí los asesinaron. Dos meses después, las Farc lanzaron un artefacto explosivo a un bus escalera en que viajaban veintiún personas hacia las veredas San Rita y Santa Inés; dos localidades a las que también los campesinos habían decidido regresar. Además del explosivo, la guerrilla atacó el vehículo con ráfagas de balas. Murieron cuatro personas, y 17 quedaron heridas. La Farc dijeron que ningún campesino podía retornar sin su permiso, y que estos retornos eran organizados por los paramilitares en complicidad con la administración.

A pesar de estos intentos frustrados por volver a sus tierras, muchos pobladores, aguerridos, guardaron la esperanza de volver. En 2005, con la desmovilización del Bloque Héroes de Granada y con la reforzada presencia militar, los sancarlitanos empezaron un retornar. La guerrilla, por su parte, se replegó hacia San Rafael, San Luis y San Francisco; más tarde, hacia el norte de Caldas.

Esta vez, el retorno tuvo el apoyo y acompañamiento de la administración municipal. Muchos desplazados que estaban en Medellín, también empezaron a retornar, especialmente desde el 2008. De las más de ochocientas familias que salieron durante los últimos años, cerca de trescientas han vuelto a sus casas.

Ángela Escudero, la líder de Dosquebradas, no abandonó ni a San Carlos ni a sus compañeros de la vereda. Luego de la masacre siguió con sus labores comunitarias. Reorganizó, con los pocos recursos que tenía, el restaurante escolar para atender a los niños de La Tupida, Dinamarca y Dosquebradas. Durante los cinco años que estuvo en el casco urbano, trabajó todos los días de cuatro de la mañana a ocho de la noche en los refugios. "Yo hice mi propia terapia, quería trabajar con la comunidad, principalmente por los niños", dice.

La Alcaldía organizó un retorno masivo para las personas de estas veredas. Además, arreglaron las casas y los servicios públicos. Con las primeras veinte familias, la vereda empezó a repoblarse. Ángela volvió en 2008, aunque todavía hoy le falta recuperar parte su parcela, ella está satisfecha de haber regresado: "Me fue muy bien, para mí el mero hecho de poder volver fue lo más grande que me hubieran podido regalar. Ya en ese entonces había seguridad, había bases militares por esos filos de la montaña".

La puerta de su casa se mantiene abierta, custodiada por un perro adulto al que adoptó hace poco, le puso por nombre "Love". En vez de ladrar, Love saluda a los foráneos con su cola. Los niños que juegan en la cancha de cemento, en el centro de la vereda, entran a su casa y le piden agua. Niños de la edad que tenía su hijo, y los compañeritos, cuando murieron hace diez años. Ángela, aunque sabe que sus recuerdos son dolorosos, no da asomo de tristeza, dice, para excusar la ausencia de lágrimas que "lo que pasó ya pasó, hay que seguir hacia adelante".